Taman Nasional Rawa Aopa Watumohai merupakan perwakilan tipe ekosistem hutan hujan pegunungan rendah, hutan bakau, hutan pantai, savana, dan hutan rawa air tawar di Sulawesi. Vegetasi savana di taman nasional ini memiliki ciri khas dan keunikan, karena merupakan asosiasi antara padang rumput dengan tumbuhan agel, lontar dan bambu duri serta semak belukar, juga tumbuhan di sepanjang sungai-sungai yang mengalir di padang savana tersebut.

Keanekaragaman tumbuhan di dalam kawasan ini sangat menonjol yaitu setidaknya tercatat 89 famili, 257 genus dan 323 spesies tumbuhan, diantaranya lara (Metrosideros petiolata), sisio (Cratoxylum formosum), kalapi (Callicarpa celebica), tongke (Bruguiera gimnorrhiza), lontar (Borassus flabellifer), dan bunga teratai.
Kawasan ini juga menjadi habitat berbagai jenis burung, tercatat 155 jenis burung ada di dalamnya, 32 jenis diantaranya tergolong langka dan 37 jenis tergolong endemik. Burung-burung tersebut antara lain maleo (Macrocephalon maleo), bangau tong-tong (Leptoptilos javanicus), bangau sandang lawe (Ciconia episcopus episcopus), raja udang kalung putih (Halcyon chloris chloris), kakatua putih besar (Cacatua galerita triton), elang-alap dada-merah (Accipiter rhodogaster rhodogaster), merpati hitam Sulawesi (Turacoena manadensis), dan punai emas (Caloena nicobarica), Terdapat satu jenis burung endemik di Sulawesi Tenggara yaitu kacamata Sulawesi (Zosterops consobrinorum). Burung tersebut tidak pernah terlihat selama puluhan tahun yang lalu, namun saat ini terlihat ada di Taman Nasional Rawa Aopa Watumohai.
Jenis primata yang ada yaitu tangkasi/podi (Tarsius spectrum spectrum) dan monyet hitam (Macaca nigra nigra). Satwa langka dan dilindungi lainnya seperti anoa dataran rendah (Bubalus depressicornis), anoa pegunungan (B. quarlesi), soa-soa (Hydrosaurus amboinensis), kuskus kerdil (Strigocuscus celebensis celebensis), rusa (Cervus timorensis djonga), babirusa (Babyrousa babyrussa celebensis), dan musang Sulawesi (Macrogalidia musschenbroekii musschenbroekii).

Beberapa lokasi/obyek yang menarik untuk dikunjungi:
Pulau Harapan II. Terletak di tengah-tengah Rawa Aopa untuk melihat panorama alam rawa, burung air yang sedang mengintai ikan, dan bersampan.
Pantai Lanowulu. Bersampan di sepanjang sungai menuju pantai, hutan bakau, berenang, dan wisata bahari.
Gunung Watumohai. Pendakian dan berkemah. Di lereng gunung tersebut terdapat padang savana untuk melihat ratusan ekor rusa yang sedang merumput, burung-burung, dan satwa lainnya.
Atraksi budaya di luar taman nasional yaitu Festival Tolaki pada bulan Desember di Kendari.
Musim kunjungan terbaik: bulan Juni s/d Oktober setiap tahunnya.
Cara pencapaian lokasi: Kendari-Punggaluku-Tinanggea-Lanowulu (+ 120 km) dengan waktu dua jam 30 menit, atau Kendari-Motaha-Tinanggea-Lanowulu (± 130 km) selama tiga jam, dan Kendari-Lambuya-Aopa-Lanowulu berjarak + 145 km dengan waktu tempuh sekitar empat jam menggunakan mobil.